Las oficinas, aulas y laboratorios de la Facultad de Agronomía y Agroindustrias se encuentran ubicados en diferentes áreas pertencientes a la Universidad Nacional de Santiago del Estero.

Sede Central
Ubicada en la ciudad Capital, en los terrenos comprendidos entre la Avenida Belgrano (Sud) y Sargento Cabral, puede accederse a ella mediante las principales líneas de transporte urbano
Entre los edificios más importantes de la FAyA caben destacar las oficinas de Decanato y Departamento Alumnos (en el pabellón de Rectorado), aulas de la Facultad en el primer piso del Pabellón FAyA y en edificio CEDIA (sobre calle Sgto. Cabral), los laboratorios de Ciencias Básicas y de Informática y el box correspondiente al Centro de Estudiantes.
En esta sede se desarrollan actividades académicas, administrativas y de investigación.

En la Sede Central de la UNSE se encuentran también los edificios correspondientes a la Biblioteca Central, Paraninfo, Cantina, Guardería y Jardín de Infantes.

Sede Zanjón
Sobre la Ruta Nacional 9, Km 1134, en la Villa El Zanjón (CP 4206), distante a unos 10 km de la capital se encuentran los edificios correspondientes a la Escuela de Agricultura, Ganadería y Granja (nivel de pregrado); el Pabellon Central donde se encuentran las aulas y laboratorios correspondientes a la carrera Ingeniería en Alimentos; Laboratorios de Química, donde se realizan actividades de investigación y docencia de la Licenciatura en Química; una Biblioteca, que cuenta con bibliografía específica de las carreras y una sala de audiovisual.

Sede Parque Industrial
Esta sede se encuentra a 7 km de la ciudad Capital, accesible a través de la autopista J. D. Perón o por el Puente Viejo.
En esta sede se encuentra la Planta Piloto de Procesamiento de Alimentos, lugar de actividades académicas y de investigación relacionados con la carrera de Ingeniería en Alimentos.