En Santiago del Estero, a mediados del siglo pasado empezó a manifestarse más vivamente, el deseo de tener una Universidad propia. En la década del ´50 se materializó esta idea con la creación de la Universidad Libre de Santiago del Estero, que nació por el entusiasmo de algunos santiagueños, pero por carecer de un apoyo oficial, desapareció luego de algunos años de actividad.

El primer antecedente concreto que hay para que Santiago del Estero tenga una Universidad Nacional lo constituye la creación de la Facultad de Ingeniería Forestal.

Los Ingenieros Agrónomos, nucleados en la Asociación Santiagueña de Ingenieros Agrónomos, fueron quienes promovieron a comienzos de 1956, una Asamblea Pública de la cual surgió la Comisión Pro Facultad de Ingeniería Forestal.
Su primer Presidente fue el Doctor Juan Delibano Chazarreta. Esta Comisión, reunió todos los antecedentes de los Institutos de la especialidad en el mundo y elaboró el Proyecto y el Plan de Estudios de la Facultad.

El 12 de Febrero de 1958 por decreto Ley Nº 9/58, el Interventor Federal de la Provincia de Santiago del Estero, Almirante Maneville, creó la Facultad de Ingeniería Forestal. Esta Facultad fue el primer centro de estudios forestales de la República Argentina, y el Dr. Delibano Chazarreta su primer Decano. La Universidad Nacional de Córdoba la incorporó a su estructura académica el 22 de Abril de 1958 (ordenanzas 4/58 y 9/58) y fue esta Universidad quien otorgaba los títulos y garantizaba académicamente a la Facultad.
A pesar de no contar con presupuesto de la Universidad Nacional de Córdoba, en sus primeros 10 años subsistió con lo que la provincia aportaba para su mantenimiento. Luego se iniciaron tratativas con la Universidad Nacional de Córdoba para anexar la Facultad a la Universidad, hasta que la Provincia de Santiago del Estero dispuso por Ley Nº 3457 ceder y transferir la Facultad de Ingeniería Forestal a la Universidad Nacional de Córdoba para que fucionara como una Unidad Académica plena dentro de aquella Universidad.
El 22 de Mayo de 1968 se realizó en Santiago del Estero la firma del convenio, refrendándolo el Gobernador de la Provincia de Santiago del Estero, General de Brigada, Carlos A. Uriondo y el Rector de la Universidad Nacional de Córdoba, Ing. Rogelio N. Martínez. Por medio de este acuerdo la Provincia de Santiago del Estero transfirió a la UNC los derechos sobre le patrimonio intelectual y material que ostentaba por haber creado la Facultad de Ingeniería. La Universidad Nacional de Córdoba le cambió el nombre y la denominó Instituto de Ingeniería Forestal, ya que por exigencias académicas no podía funcionar como Facultad, y nombró como primer Director del Instituto de Ingeniería Forestal al Ing. Agr. Néstor R. Ledesma. (Resolución Nº 200/68)
Pero a pesar de tener ya la Provincia de Santiago del Estero, el Instituto de Ingeniería Forestal dependiente de la Universidad Nacional de Córdoba, un grupo de santiagueños, entre los que se encontraba el Ing. Agr. Néstor Ledesma, creía que era imprescindible para la provincia tener su "Universidad", y comenzaron a trabajar para conseguir para la provincia la Universidad Nacional.
Esta iniciativa encontró, en esa época, un ambiente propicio ya que hacia fines de la década del 60 se adoptó a nivel nacional la decisión política de crear nuevas Universidades Nacionales, propuesta del Dr. A. C. Tarquini, con el objetivo de descentralizar los Estudios Superiores concentrados en pocas Universidades con un alto número de estudiantes.

Para concretar tal anhelo se creó la Comisión Popular Pro Universidad en donde estuvieron representadas organizaciones vecinales, gremiales, comerciales, literarias y estudiantes, el gobierno provincial, la Universidad Católica de Santiago del Estero y el Ministerio de Educación quien aportó asesores para redactar el Proyecto de Universidad Nacional.
Esta Comisión culminó su labor con la elaboración de un Proyecto de Universidad Nacional para la Provincia de Santiago del Estero, que ocupó 5 tomos y fue calificado como brillante por las autoridades del Ministerio de Educación.

La UNSE fue creada por Ley Nº 20.364 el 10 de Mayo de 1973, siendo Ministro de Educación de la Nación el DR. Gustavo Malek y el Presidente de la Nación el Teniente General Alejandro Agustín Lanusse. El antecedente con que contó el Poder Ejecutivo Nacional para tomar tal decisión fue el Proyecto que elaborara la Comisión Pro Universidad.
Inició las actividades administrativas en el año 1974 durante la Presidencia de Doña María Estela Martínez de Perón, siendo Ministro de la Nación el Dr. Oscar Ivanissevich y el Gobernador de la Provincia de Santiago del Estero el Dr. Carlos Arturo Juárez. El primer Delegado Organizador designado por el Ministerio fue el Ing. Ftal. Carlos R. Ruiz, (Decreto PEN Nº 1750), quien asumió el rectorado el 14 de Junio de 1974. En aquel entonces la sede de la UNSE era la Casa del Maestro, donde funcionaba la carrera de Ingeniería Forestal. Este primer Delegado no pudo cumplir su cometido de poner en funcionamiento a la UNSE y fue reemplazado el 26 de Noviembre del mismo año por el segundo Delegado Organizador, Ing. César E. Iturre (nombrado por Decreto PEN n 1413). En ese año la Universidad Nacional funcionó en la calle 25 de Mayo N 151 de la ciudad Capital.
El 4 de Abril de 1975 se inauguraron las nuevas instalaciones de la UNSE, en Avda. Belgrano Sud 1912, que continúa siendo la sede del edificio Central de la UNSE.

En el comienzo de sus actividades académicas, el funcionamiento fue muy precario ya que se disponía de un edificio muy pequeño y allí funcionaban el rectorado y los despachos académicos y administrativos más las aulas donde se dictaban las clases, salvo el caso de la carrera de Ingeniería Forestal que continuó funcionando en la Casa del Docente hasta el año 1978.

El primer antecedente que cuenta la carrera de Agronomía en la UNSE es del año 1974 cuando el delegado Organizador de la UNSE Ing. Forestal Carlos Ruiz designa al Ing. Agr. José Benito Lizárraga (Resolución Nº 13/74), Coordinador del Area Agronomía a los efectos de proceder al estudio e implementación de las carreras que se incluirán en el Proyecto que debía elevarse al Ministerio de Cultura y Educación de la Nación.
En ese mismo año, 1975, (Resolución Nº 76) se aprueban los planes de estudio de as distintas Ingenierías que podían estudiarse en la UNSE, a saber: Agrimensura, Vial, Hidráulica, Electromecánica, Forestal, Industrias Forestales y Agronomía.

Las carreras de Agronomía y Zootecnia comenzaron a funcionar en el año 1976, durante el cual ingresaron los primeros alumnos con el Plan de Estudios 1975, según el cual podían cursar las carreras de Ingeniería Agronómica e Ingeniería Zootecnista.

En el año 1977, ya durante el Proceso Militar, el rector de la UNSE Dr. Ariel Alvarez Valdés, crea las comisiones de carreras (Resolución Nº 147/77) a raíz de las sugerencias recibidas del Consejo de Rectores de Universidades Nacionales para que en cada Universidad se realizan las tareas tendientes al reordenamiento, creación, modificación y/o suspresión de carreras con el propósito de adecuar la Educación Universitaria a las reales necesidades del país. Ese mismo año se materializa esta disposición y se nombran los integrantes de las distintas comisiones curriculares de las carreras de la UNSE y para agronomía y Zootecnia se la integró con los siguiete Profesores: Ings. Agr. Roberto Gayraud, Armando Lizárraga, Camilo Robles y Leopoldo Flores, Dr. Wylian Otrera, Dr. Julio César Castiglione y Dr. Francisco Stein (Resolución Nº 225777). Esta comisión culminó su tarea y propuso un nuevo plan de estudios para la carreras de Agronomía y Zootecnia.

En el año 1978 (resoluciones Nº 107 y 108) se modifica el Plan de Estudios 75/76 y se aprueban el Ciclo Básico Universitario para las carreras de la UNSE y el Plan de Estudios de la carreras de Agronomía y Zootecnia.
El Plan ´78 preveía la formación de dos tipos de profesionales en el área de Agronomía, el Ingeniero Agrónomo especializado en producción vegetal) y el Ingeniero Zootecnista (especializado en producción animal). Para obtener el título de Ingeniero Agrónomo debían cursarse 10 módulos y aprobarse 39 materias y luego cursando dos módulos más, 8 materias del área de Zootecnia cuando finalizaron sus estudios los primeros egresados, trayendo profesores de la carrera de ingeniería Zootecnista de la Facultad de Agronomía y Zootecnia de la Universidad Nacional de Tucumán, esto nunca se materializó y en la práctica el área de Zootecnia no se implementó y la carrera
se redujo a Ingeniería Agronómica.

Con el advenimiento de la democracia en nuestro país, asumió como Rector normalizador el Ing. Civil Enrique López y durante su mandato se modificó la estructura académica de la UNSE, cambiando el sistema Departamental por el sistema de Facultades; esto lo resolvió el Consejo Superior Provisorio en Junio de 1984 (resolución Consejo Superior Provisorio Nº 50 /84) y el Consejo Superior Provisorio aprobó el Estatuto de la UNSE, ya que nuestra universidad carecía de ellos pues había sido creada durante un gobierno de facto en el cual no funcionaban los órganos de gobierno de la Universidad, tal como lo habían hecho durante el gobierno del Dr. Humberto Illia.
También en 1984 el ministerio de Educación y Justicia (Resolución Nº 274764) aprobó, en forma definitiva el Estatuto de la Universidad y de las Facultades según lo establece el mismo estatuto en el cual se contempla la participación de docentes, alumnos y graduados.

En diciembre de 1984 (Resolución Consejo Superior Provisorio Nº 75) comenzó a funcionar
la organización de Facultades en la UNSE, tal como las conocemos hoy:

Facultad de Ciencias Forestales
Facultad de Humanidades
Facultad de Ciencias Exactas Tecnologías
Facultad de Agronomía y Agroindustrias.

Desde 1984 hasta la fecha han sido Decanos de la Facultad de Agronomía y Agroindustrias:

Ing. Agr. Salomón O. Lafi
Ing. Qco. Antonio Goitia
Ing. Qco. José R. Kobylañski
Ing. Qco. José R. Kobylañski (segundo período)
Ing. Agr. José Manuel Salgado
Ing. Qco. José R. Kobylañski

La primera egresada fue la Ing. Agr. Susana González en el año 1981, y a partir de aquél año se graduaron en forma continua y sostenida sucesivas promociones de profesionales.